Учебное заведение было основано в 1956 году как Ярославский учебно-консультационный пункт Всесоюзного заочного института инженеров транспорта. В 1964 году получил статус филиала. Ярославский техникум железнодорожного транспорта был основа в 1971 году. В 2006 году техникум, а в 2007 году филиал были реорганизованы в форме присоединения к МИИТу с образованием с 2009 года на его основе соответствующих филиалов МИИТ. В 2012 году филиалы реорганизованы в единый Ярославский филиал университета.